1989年に登場した2代目MR2はさらに本格派のミッドシップスポーツを目指した。ボディサイズを大型化した代わりに2L直4ユニットを搭載。当初は225psのDOHCターボ（GT）と165psのDOHCエンジン（G、Gリミテッド）を搭載。初期モデルはかなりトリッキーな性格であったが、その後のマイナーチェンジで完成度を徐々に上げていく。最初のマイナーチェンジ、1991年末のモデル（II型）では、足回りの変更に加えてGTモデルにビルシュタインショックとビスカスLSDを採用。III型と呼ばれる1993年末のモデルからはさらにサスペンションの見直しが図られハンドリング性能が一層向上した。同時にターボが245ps、自然吸気が180psにまでパワーアップされ、ブレーキ性能もスポーツABSを採用するなど強化された。リアウイングがフローティング方式になったのもここから。リアランプも変更されている。この後、1996年（IV型）と1997年（V型）にもマイナーチェンジを受け、着実にその性能を進化させている。